El pueblo de Rahatzi "Pasar del Otro Lado" no aparece en los códices prehispánicos divulgados hasta la fecha. Apaseo el Alto es mencionado por primera vez el 27 de Noviembre de 1538, cuando el influyente español Hernán Pérez de Bocanegra recibió en merced tres molinos en lo que dijeron, llamaban Apaseo el Alto; ese mismo año había recibido del virrey Antonio de Mendoza la encomienda de la zona de Acámbaro y los Apaseos.

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Los primeros pueblos sedentarios de la región vivían principalmente de la agricultura y en menor escala de la caza, pesca y recolección.  Dependían de Teotihuacán, que era quien dictaba las reglas para los habitantes; hacia el año 900 se liberan del dominio teotihuacano y pasan a formar parte de los toltecas de Tula.  Al finalizar el poderío tolteca, llegan del norte del país grupos de indígenas nómadas conocidos como chichimecas, quienes se convirtieron en los principales pobladores de la región.



 

La fundación del pueblo de Apaseo el Alto se da el 8 de noviembre de 1802, cuando de acuerdo a la usanza novohispana de aquella época, se les otorga de manera legal la propiedad de las tierras a los indios de la región que reclamaban la posesión de las mismas.

Durante la etapa de Independencia el municipio estuvo en la más absoluta miseria, como resultado del movimiento que se generó en diferentes regiones del país. 



 

Más adelante en la época de Reforma en 1857, el gobierno puso a la venta títulos de propiedad de las tierras, pero como los indios no entendían el procedimiento, los más beneficiados fueron los terratenientes que obtuvieron lucrativos negocios.

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En el siglo XIX se le integra territorialmente a la entonces villa de Apaseo el Grande, y hasta el 18 de diciembre de 1947 por decreto de la Legislatura local, le es concedida la categoría de municipio libre y autónomo, con el nombre de Apaseo el Alto.